Cụ thể, Sở Công nghiệp phải hợp nhất với Sở Thương mại thành Sở Công Thương; Sở Du lịch phải hợp nhất với Sở Văn hóa - Thông tin, Sở Thể dục Thể thao thành Sở Văn hóa - Thể thao và Du lịch với lý do du lịch luôn gắn liền với việc khai thác, quản lý các di sản văn hóa và các hoạt động thể dục thể thao. Ngoài ra, phải sáp nhập bộ phận tôn giáo từ Ban Tôn giáo - Dân tộc vào Sở Nội vụ và bộ phận dân tộc vào Văn phòng UBND TP.
Trước đó, cuối tháng 3-2008, UBND TPHCM đã kiến nghị Thủ tướng Chính phủ không sáp nhập Sở Thương mại và Sở Công nghiệp; không sáp nhập Sở Du lịch vào Sở Văn hóa - Thông tin, Sở Thể dục Thể thao. Kiến nghị được giữ nguyên chức năng, nhiệm vụ và tên gọi của Sở Giao thông công chính thay vì đổi tên thành Sở Giao thông Vận tải và chuyển phần quản lý hạ tầng đô thị sang Sở Xây dựng.